第四期：博丽二人(5)

大异变与先代巫女
伴随着先代的感情线和灵梦、魔理沙的调查，先代的历史也会逐渐揭露。
魔理沙和灵梦后续都开始调查先代巫女的历史，从慧音和霖之助那里得知了大异变的事：因为某只外界吸血鬼的煽动，地底的妖怪复权派暴动并杀死第11代巫女，造成幻想乡的危机。

而在这场异变的下，紫阻止妖怪中的反对派和地底的妖怪展开对峙，但因为地底妖怪不想造成两败俱伤，没有发生过大规模的冲突。而解决这一切的，就是在地底妖怪中以一敌千的第12代巫女。先代巫女凭借一己之力重创了地底妖怪，解决了这场异变。